Ogni ninja possiede determinate tecniche, acquisite dal maestro, create da se stesso oppure ereditate dal proprio clan o dalla propria famiglia.

Le tecniche si possono dividere in vari tipi:

- Genjutsu => Arti illusorie
Molti ninja basano il loro stile di lotta sulle illusioni: Zabuza, per esempio, fa uso di tecniche illusorie legate alla nebbia. Le tecniche illusorie servono per confondere l'avversario er poterlo attaccare quando meno se l'aspetta.

- Taijutsu => Combattimento corpo a corpo
Una dote fondamentale di un ninja, tecniche a parte, è il combattimento vero e proprio. Rock Lee, ad esempio, ha sviluppato moltissimo questa capacità ed è quasi imbattibile nel combattimento corpo a corpo, senza l'uso di arti magiche e illusorie.

- Ninjutsu => Arti magiche
Le arti magiche consentono di effettuare tecniche indispensabili per ogni ninja, come la moltiplicazione del corpo o la sostituzione, passando anche a tecniche più complesse.

- Doujutsu => Arte dell'utilizzo delle pupille
Pochi ninja hanno abilità legate agli occhi che, come lo Sharingan di Sasuke, sono spesso ereditate dai parenti del proprio clan.

- Hijutsu => Tecnica segreta / Abilità innata
I migliori ninja possiedono tecniche segrete, molto potenti e spesso vietate dal proprio maestro. Inoltre, alcuni ninja possiedono "abilità innate", ovvero tecniche speciali che ereditano dai propri parenti o dal clan di appartenenza. Spesso si tratta di tecniche mortali o comunque molto potenti.

- Fuuinjutsu => Tecnica di sigillo
Tecniche usate raramente per imprimere un sigillo su un ninja. Vengono usate, per esempio, dal 4o Hokage per imprigionare il demone della volpe in Naruto e da Orochimaru per sprigionare l'energia di Sasuke.

- Kuchiyose no jutsu => Evocazione
Le tecniche di invocazione consistono nel fare un patto con un animale o qualsiasi essere e poterlo richiamare durante un combattimento. Sono considerate tra le tecniche più forti, quindi è raro che un ninja novizio sappia usarle.